Los que utilicéis habitualmente el Terminal habréis notado que se crea un historial con los últimos comandos ejecutados (se accede a ellos pulsando la tecla Flecha Arriba), si queréis borrar este historial simplemente ejecutad

history -c

pulsando hacia arriba comprobaréis que el historial se ha borrado.

Por cierto este truco funciona igualmente en Linux.